Диагностика вируса, вызывающего COVID-19, методом ПЦР в реальном времени
Е. В. Гончарова,
А. Е. Донников,
В. В. Кадочникова,
С. А. Морозова, 
М. Н. Болдырева,
И. С. Галкина,
Д. В. Блинов
М. Н. Болдырева,
И. С. Галкина,
Д. В. Блинов https://doi.org/10.17749/2070-4909.2020.13.1.52-63
Аннотация
Цель – разработка набора реагентов для диагностики вируса, вызывающего COVID-19, методом ПЦР в реальном времени.
Материалы и методы. В качестве мишеней были выбраны три участка генома SARS-CoV-2. Тестирование выполнено на 220 образцах – 48 положительных образцах, искусственно созданных из биоматериала пациентов, и 172 клинических образцах (соскобы из полости носа и зева, бронхоальвеолярный лаваж, мокрота, эндотрахеальный/назофарингеальный аспират, фекалии, аутопсийный материал) из двух медицинских центров. Предварительно биоматериал был проанализирован с использованием набора сравнения. Оценка проводилась с доверительным интервалом 95%. Расчет доверительных интервалов для чувствительности и специфичности осуществлялся на основании распределения χ2.
Результаты. Для использования в практическом здравоохранении разработана технология диагностики новой коронавирусной инфекции (COVID-19) методом ПЦР в реальном времени, предложены конкретные варианты проведения всех этапов тестирования – преаналитического, аналитического и постаналитического, включая автоматизированную обработку результата. Исследуемый набор реагентов соответствует рекомендациям ВОЗ и МЗ РФ. Испытания продемонстрировали высокую чувствительность и специфичность: чувствительность составила 100% (95%-й доверительный интервал) 95,6–100%; специфичность составила 100% (95%-й доверительный интервал) 96,7–100%.
Заключение. Набор реагентов зарегистрирован в РФ как медицинское изделие, регистрационное удостоверение № РЗН 2020/9948 от 01.04.2020. Использование его сетевыми лабораториями позволит обеспечить массовый доступ пациентов к тестированию на вирус, вызывающий COVID-19, способствуя быстрому получению результата дифференциальной диагностики, улучшению контроля над пандемией, получению корректной статистики распространения вируса.
Ключевые слова
Об авторах
Е. В. Гончарова
ООО «НПФ ДНК-Технология»
Россия
Гончарова Елена Васильевна – к.б.н., в.н.с. ул. Гурьянова, д. 83, стр. 1, Москва 109388
Россия
Гончарова Елена Васильевна – к.б.н., в.н.с. ул. Гурьянова, д. 83, стр. 1, Москва 109388
А. Е. Донников
Федеральное государственное бюджетное учреждение «Национальный медицинский исследовательский центр акушерства, гинекологии и перинатологии имени академика В.И. Кулакова» Министерства Здравоохранения РФ
Россия
Донников Андрей Евгеньевич – к.м.н., заведующий лабораторией молекулярно-генетических методов ул. академика Опарина, д. 4, Москва 117198
Россия
Донников Андрей Евгеньевич – к.м.н., заведующий лабораторией молекулярно-генетических методов ул. академика Опарина, д. 4, Москва 117198
В. В. Кадочникова
ООО «НПФ ДНК-Технология»
Россия
Россия
Кадочникова Владислава Викторовна – к.б.н., с.н.с.
ул. Гурьянова, д. 83, стр. 1, Москва 109388
С. А. Морозова
ООО «ДНК-Технология»
Россия
Морозова Светлана Андреевна – руководитель отдела регистрации Варшавское шоссе, д. 125Ж, корп. 6, Москва 117587
Россия
Морозова Светлана Андреевна – руководитель отдела регистрации Варшавское шоссе, д. 125Ж, корп. 6, Москва 117587
М. Н. Болдырева
ООО «ДНК-Технология»
Россия
Болдырева Маргарита Николаевна – д.м.н., медицинский директор Варшавское шоссе, д. 125Ж, корп. 6, Москва 117587
Россия
Болдырева Маргарита Николаевна – д.м.н., медицинский директор Варшавское шоссе, д. 125Ж, корп. 6, Москва 117587
И. С. Галкина
ООО «ДНК-Технология»
Россия
Галкина Ирина Сергеевна – к.х.н., директор по маркетингу Варшавское шоссе, д. 125Ж, корп. 6, Москва 117587
Россия
Галкина Ирина Сергеевна – к.х.н., директор по маркетингу Варшавское шоссе, д. 125Ж, корп. 6, Москва 117587
Д. В. Блинов
Институт Превентивной и Социальной Медицины ; Клинический госпиталь Лапино, ГК «Мать и Дитя»
Россия
Россия
Блинов Дмитрий Владиславович – к.м.н., руководитель по медицинским и научным вопросам; врач-невролог
Researcher ID: E-8906-2017
1-е Успенское шоссе, д. 111, Московская область, Одинцовский район, Лапино
Список литературы
1. ВОЗ. Наименование заболевания, вызванного коронавирусом (COVID-19), и вирусного возбудителя. [Электронный ресурс] URL: https://www.who.int/ru/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/ technical-guidance/naming-the-coronavirus-disease-(covid-2019)-andthe-virus-that-causes-it. Published 2020 г. Дата обращения: 10.03.2020.
2. WHO. Novel Coronavirus (2019-nCoV) Situation Report-7. WHO Bull. 2020; 27 JANUARY 2020: 1–7.
3. WHO. Coronavirus disease (COVID-19) pandemic. [Электронный ресурс] URL: https://www.who.int/emergencies/diseases/novelcoronavirus-2019. Published 2020 г. Дата обращения: 10.03.2020.
4. Tang X., Wu C., Li X. и др. On the origin and continuing evolution of SARS-CoV-2. Natl Sci Rev. 2020; DOI: https://doi.org/10.1093/nsr/nwaa036.
5. Maclean O.A., Orton R., Singer J.B., Robertson D.L. Response to “On the origin and continuing evolution of SARS-CoV-2”. [Электронный ресурс] URL: http://virological.org/t/response-to-on-the-origin-andcontinuing-evolution-of-sars-cov-2/418. Дата обращения: 10.03.2020.
6. WHO. COVID-19 coding in ICD-10. [Электронный ресурс] URL: http://www9.who.int/classifications/icd/COVID-19-coding-icd10.pdf. Дата обращения: 26.03.2020.
7. John Hopkins University. Coronavirus Resourse Center. [Электронный ресурс] URL: https://coronavirus.jhu.edu/map.html. Дата обращения: 26.03.2020.
8. WHO. WHO Director-General’s opening remarks at the media briefing on COVID-19 - 11 2020. [Электронный ресурс] URL: https:// www.who.int/dg/speeches/detail/who-director-general-s-openingremarks-at-the-media-briefing-on-covid-19---11-march-2020. Дата обращения: 23.03.2020.
9. Постановление Правительства РФ от 31.01.2020 г. № 66 «О внесении изменения в перечень заболеваний, представляющих опасность для окружающих».
10. Dong Y., Mo X., Hu Y. и др. Epidemiological Characteristics of 2143 Pediatric Patients With 2019 Coronavirus Disease in China. Pediatrics. 2020; DOI: https://doi.org/10.1542/peds.2020-0702.
11. Aylward B., Liang W. Report of the WHO-China Joint Mission on Coronavirus Disease 2019 (COVID-19). WHO-China Jt Mission Coronavirus Dis 2019. 2020; 16–24. [Электронный ресурс] URL: https://www.who. int/docs/default-source/coronaviruse/who-china-joint-mission-on-covid19-final-report.pdf. Дата обращения: 23.03.2020.
12. Burke R.M., Midgley C.M., Dratch A. и др. Active Monitoring of Persons Exposed to Patients with Confirmed COVID-19 - United States, January-February 2020. MMWR Morb Mortal Wkly Rep. 2020; 69 (9): 245–246. DOI: https://doi.org/10.15585/mmwr.mm6909e1.
13. Bai Y., Yao L., Wei T. и др. Presumed Asymptomatic Carrier Transmission of COVID-19. JAMA. 2020; DOI: https://doi. org/10.1001/jama.2020.2565.
14. Liu Y., Yan L.-M., Wan L. и др. Viral dynamics in mild and severe cases of COVID-19. Lancet Infect Dis. 2020; DOI: https://doi. org/10.1016/S1473-3099(20)30232-2.
15. Zhou F., Yu T., Du R. и др. Clinical course and risk factors for mortality of adult inpatients with COVID-19 in Wuhan, China: a retrospective cohort study. Lancet. 2020; 395 (10229): 1054–1062. DOI: https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)30566-3.
16. Lauer S.A., Grantz K.H., Bi Q. и др. The Incubation Period of Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) From Publicly Reported Confirmed Cases: Estimation and Application. Ann Intern Med. 2020; DOI: https://doi.org/10.7326/M20-0504.
17. Adhikari S.P., Meng S., Wu Y.-J. и др. Epidemiology, causes, clinical manifestation and diagnosis, prevention and control of coronavirus disease (COVID-19) during the early outbreak period: a scoping review. Infect Dis Poverty. 2020; 9 (1): 29. DOI: https://doi. org/10.1186/s40249-020-00646-x.
18. Dhama K., Sharun K., Tiwari R., Sircar S., Bhat S. Coronavirus Disease 2019 – COVID-19. 2020; [Электронный ресурс] URL: https:// www.preprints.org/manuscript/202003.0001. Дата обращения: 23.03.2020.
19. Guan W., Ni Z., Hu Y. и др. Clinical Characteristics of Coronavirus Disease 2019 in China. N Engl J Med. 2020; DOI: https://doi. org/10.1056/NEJMoa2002032.
20. Lai C.C., Shih T.P., Ko W.C., Tang H.J., Hsueh P.R. Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) and coronavirus disease-2019 (COVID-19): The epidemic and the challenges. Int J Antimicrob Agents. 2020; 55 (3): 105924. DOI: https://doi. org/10.1016/j.ijantimicag.2020.105924.
21. Sun J., He W.T., Wang L. и др. COVID-19: Epidemiology, Evolution, and Cross-Disciplinary Perspectives. Trends Mol Med. 2020: 1–13. DOI: https://doi.org/10.1016/j.molmed.2020.02.008.
22. Wang L., Wang Y., Ye D., Liu Q. A review of the 2019 Novel Coronavirus (COVID-19) based on current evidence. Int J Antimicrob Agents. 2020:105948. DOI: https://doi.org/10.1016/j.ijantimicag.2020.105948.
23. Rajgor D.D., Lee M.H., Archuleta S., Bagdasarian N., Quek S.C. The many estimates of the COVID-19 case fatality rate. Lancet Infect Dis. 2020; DOI: https://doi.org/10.1016/S1473-3099(20)30244-9.
24. Wang Y., Liu Y., Liu L., Wang X., Luo N., Ling L. Clinical outcome of 55 asymptomatic cases at the time of hospital admission infected with SARS-Coronavirus-2 in Shenzhen, China. J Infect Dis. 2020; DOI: https://doi.org/10.1093/infdis/jiaa119.
25. Hu Z., Song C., Xu C. и др. Clinical characteristics of 24 asymptomatic infections with COVID-19 screened among close contacts in Nanjing, China. Sci China Life Sci. 2020; DOI: https://doi. org/10.1007/s11427-020-1661-4.
26. Временные методические рекомендации. Профилактика, диагностика и лечение новой коронавирусной инфекции (COVID-19). Версия 4. Минздрав РФ. Москва; 2020.
27. WHO. Coronavirus disease (COVID-19) technical guidance: Surveillance and case definitions. [Электронный ресурс] URL: https:// www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/ technical-guidance/surveillance-and-case-definitions. Дата обращения: 12.03.2020.
28. Wang C.J., Ng C.Y., Brook R.H. Response to COVID-19 in Taiwan. JAMA. 2020; DOI: https://doi.org/10.1001/jama.2020.3151.
29. Указ Президента Российской Федерации от 25 марта 2020 года № 206 «Об объявлении в Российской Федерации нерабочих дней». Российская Газета – федеральный выпуск. 2020; 66 (8120).
30. Tellis G.J., Sood A., Sood N. How Long Should Social Distancing Last? Predicting Time to Moderation, Control, and Containment of COVID-19. SSRN Electron J. 2020; DOI: https://doi.org/10.2139/ ssrn.3562996.
31. Гуриев С. ВВП или жизни людей. Ведомости. [Электронный ресурс] URL: https://www.vedomosti.ru/opinion/ articles/2020/03/27/826385-vvp-lyudei?fbclid=IwAR1ftEZN050VJd3c U9mnPtx8RC3lwDNlADJVFv5D9AxanZEIqme2a0ApU4Y. Дата обращения: 26.03.2020.
32. Коронавирус и FMCG-тренды в России: новая реальность и новые возможности. Nielsen. 2020.
33. WHO. Laboratory testing for coronavirus disease 2019 (COVID-19) in suspected human cases: interim guidance, 2 March 2020. [Электронный ресурс]. URL: https://apps.who.int/iris/ handle/10665/331329. Дата обращения: 23.03.2020.
34. WHO. Coronavirus disease (COVID-19) technical guidance: Laboratory testing for 2019-nCoV in humans. [Электронный ресурс] URL: https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/ technical-guidance/laboratory-guidance. Дата обращения: 12.02.2020.
35. Набор реагентов для выявления РНК коронавируса 2019nCoV методом ПЦР с гибридизационно-флуоресцентной детекцией «Вектор-ПЦРрв-2019-nCoV-RG» по ТУ 21.20.23-088-056640122020. [Электронный ресурс] URL: https://nevacert.ru/reestry/ med-reestr/rzn-2020-9677-41240. Дата обращения: 11.03.2020.
36. Konrad R., Eberle U., Dangel A. и др. Rapid establishment of laboratory diagnostics for the novel coronavirus SARS-CoV-2 in Bavaria, Germany, February 2020. Eurosurveillance. 2020; 25 (9). DOI: https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.9.2000173.
37. Pfefferle S., Reucher S., Nörz D., Lütgehetmann M. Evaluation of a quantitative RT-PCR assay for the detection of the emerging coronavirus SARS-CoV-2 using a high throughput system. Eurosurveillance. 2020; 25 (9). DOI: https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.9.2000152.
38. Won J., Lee S., Park M. и др. Development of a Laboratory-safe and Low-cost Detection Protocol for SARS-CoV-2 of the Coronavirus Disease 2019 (COVID-19). Exp Neurobiol. March 2020. DOI: https:// doi.org/10.5607/en20009.
39. Регистрационное удостоверение №РЗН 2020/9948 на медицинское изделие «Набор реагентов для выявления РНК коронавирусов SARS-CoV и подобных SARS-CoV методом обратной транскрипции и полимеразной цепной реакции в режиме реального времени (SARS-CoV-2/SARS-CoV). 2020.
Рецензия
Для цитирования:
Гончарова Е.В., Донников А.Е., Кадочникова В.В., Морозова С.А., Болдырева М.Н., Галкина И.С., Блинов Д.В. Диагностика вируса, вызывающего COVID-19, методом ПЦР в реальном времени. ФАРМАКОЭКОНОМИКА. Современная фармакоэкономика и фармакоэпидемиология. 2020;13(1):52-63. https://doi.org/10.17749/2070-4909.2020.13.1.52-63
For citation:
Goncharova E.V., Donnikov A.E., Kadochnikova V.V., Morozova S.A., Boldyreva M.N., Galkina I.S., Blinov D.V. Real-time RT-PCR diagnostics of virus causing COVID-19. FARMAKOEKONOMIKA. Modern Pharmacoeconomics and Pharmacoepidemiology. 2020;13(1):52-63. (In Russ.) https://doi.org/10.17749/2070-4909.2020.13.1.52-63
Просмотров:
8060
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License.
Послать статью по эл. почте 